El Gobierno Regional de Aysén cuenta con un modelo de gestión de la planificación regional, con tres niveles: estratégico, programático y operativo. Estos niveles corresponden a horizontes de planificación de largo, mediano y corto plazo, respectivamente. En el nivel estratégico se encuentran dos instrumentos, la Estrategia Regional de Desarrollo (ERD) y el Plan Regional de Ordenamiento Territorial (PROT), en el programático están las políticas regionales y en el operativo se definen programas de intervención o planes que están compuestos por un grupo de estudios, proyectos y/o programas, como los planes plurianuales de inversión de cada política y los planes marco de desarrollo territorial (PMDT). Todos los instrumentos de planificación regional han sido aprobados por el H. Consejo Regional de Aysén.