El Gobierno Regional de Aysén está compuesto por seis Divisiones más el administrador regional y la unidad de control: 

• División de Planificación y Desarrollo Regional, es la encargada de elaborar y proponer estrategias, políticas, planes, programas y proyectos para el desarrollo armónico del territorio, incluido el Plan Regional de Ordenamiento Territorial, sobre la base de procesos técnicos y participativos, conforme a las prioridades definidas por el gobierno regional. Asimismo, le corresponderá apoyar al gobernador regional en la evaluación del cumplimiento de las políticas, planes, programas, proyectos y presupuestos de carácter regional, y prestar asistencia técnica a las municipalidades y demás organismos de la administración que lo requieran.

• División de Presupuesto e Inversión Regional, es la encargada de elaborar el o los proyectos de presupuestos de inversión del gobierno regional, así como de ejecutar y controlar dicho presupuesto de inversiones y los programas que administre el gobierno regional, asesorando al gobernador regional en la determinación de los proyectos de inversión a desarrollar o financiar según los lineamientos y prioridades de los instrumentos de planificación regional.

• División de Administración y Finanzas, es la encargada de la gestión administrativa interna y de la provisión de los servicios generales del gobierno regional.

• División de Fomento e Industria, encargada de proponer, promover y ejecutar planes y programas de alcance regional, destinados a estimular el desarrollo de la ciencia, tecnología e innovación para el desarrollo y de nuevas capacidades empresariales, facilitando la incorporación de las nuevas tecnologías de la información que propenda a favorecer el crecimiento sostenido, integrado y sustentable de la región respectiva, proponiendo y promoviendo instrumentos de fomento productivo.

• División de Infraestructura y Transportes, encargada de proponer, promover y ejecutar planes y programas de alcance regional, en materia de obras de infraestructura y equipamiento regional; y gestión de transporte

• División de Desarrollo Social y Humano, encargada de proponer, promover y ejecutar planes y programas de alcance regional, conducentes a la igualdad de derechos y oportunidades y la cohesión social.

Cada una además está compuesto por Departamentos y Unidades que dependen de ellas.

1.- Administrador Regional

 Coordina a:

• Divisiones.
• Unidad de Auditoria Interna.
• Asesoría Jurídica.

2.- Unidad de Control

Sin definición.

3.- División de Presupuesto e Inversión Regional

Compuesta por: 

• Departamento de Inversiones.
• Departamentos de Programas y Proyectos.

4.- División de Administración y Finanzas

Compuesta por: 

• Departamento de Finanzas.
• Departamento Administrativo.
• Departamento de Gestión y Desarrollo de Personas.

5.- División de Planificación y Desarrollo Regional

Compuesta por:

• Departamento de Planificación Regional y Coordinación Territorial.
• Unidad Regional de Asuntos Internacionales.

6.- División de Desarrollo Social y Humano

Compuesta por:

• Departamento de Gestión del 6%.

7.- División de Fomento e Industria

Compuesta por:

• Departamento de Fomento Productivo.
• Departamento de Ciencia Tecnología e Innovación.

8.- División de Infraestructura y Transporte

Sin definición.